もうひとつのスレッド「EPSの文字化け」でも書かせていただいたのでこちらではある程度省略しますが、
他のアプリケーション（TeX）で生成されたEPSであり、環境も固有の状態に近いところがありますので、
再現性を確認することが困難であることが前提になってしまいます。
divpsでフォント埋め込みを行ったEPS、1ファイルのみになりますが、それをアンカーオブジェクトとして
100文字程度のテキストの中に配置したうえで、その部分を連続コピー＆ペーストして1つのテキストフレーム内に
数十個のアンカーオブジェクトが配置される状態にしてみましたが、同様の現象は再現できませんでした。
クリップボードの設定は詳細にした状態での処理になります。
こちらについても原因の切り分けが必要かもしれません。
思いつくところでは、下記で再現するかどうか、ということになると考えています。
・スクリプトを使用せずに配置を行っていった場合
・TeX以外の、Illustrator等で作成したEPSを配置した場合
・一旦PDFにしてそちらを配置した場合
なおテキストのリフレッシュですが、全ストーリーの再計算（Ctrl+Alt+/）で、テキストの強制再組版と再描画が可能です。
ただし全ページのテキストに影響してしまうので、データの状態によっては時間がかかる可能性はあります。
TeX、というよりも数式になると思いますが、InDesignで公式に対応することはおそらくないものと考えます。
理由としては、InDesignがデザイン主体を目的としたツールという定義づけであることと、FrameMakerで数式機能を有していることが挙げられます。
InDesignに拘らず数式処理が必要、ということだけであれば、他の選択肢（FrameMamer、EDIANWing、MC-Smart等）の
利用を検討することも考えられますし、TeXの数式が必須ということだとすべてTeXで処理することも考えられるところですが、
InDesignを組み合わせることが必須ということになると、環境構築や組み合わせという影響を考えると、難しいところです。