通常、環境設定の情報まで初期化されるというのは考えにくいので、
ユーザーアカウント情報自体の影響かもしれません。
一時的に別のユーザーアカウントを作成し、そちらで運用してみてはどうでしょうか。
また、ディスクユーティリティでメンテナンスしてみるのも方法かもしれません。
通常、環境設定の情報まで初期化されるというのは考えにくいので、
ユーザーアカウント情報自体の影響かもしれません。
一時的に別のユーザーアカウントを作成し、そちらで運用してみてはどうでしょうか。
また、ディスクユーティリティでメンテナンスしてみるのも方法かもしれません。