「CS3で作成したinddをCC 2017で開くと、設定を何も変えていないのに、メトリクスを適用している括弧の前後アキが１文字分になってしまう」
……こういうことですか？
こういうことだとすると、
- CS3とCC 2017でメトリクスの仕様変更はありません。
- そのような現象は、私は経験がありませんし、聞いたこともありません。
とにかく、以下のメンテンナンスを試してみてはどうでしょうか。
→ おかしいなと思ったら（Mac OS 版 InDesign CC）
もしすでに試していても「そのくらいはすでにやっている」と不快に思わないでください。