単純な話、ルビのコンテンツはスタイルで定義できない（逆に定義されても困る）ので
スタイルの定義に含まれないのに対し、圏点の記号はスタイル定義に含まれる。
という理由です。
圏点はそもそも記号類が確立されていなかった手書きの時代に、前後の文字と区別を
つけるために生まれたものだと思ってまして、後世になって括弧類を使うようになったり、
フォントを変えて際立たせることができるようになってからは、その役目は終わっています。
InDesignの圏点機能が、自由に記号を設定できるので、ルビと似たものだと勘違いされて
いるのかも知れませんが、基本的には文字飾りの一種なのでスタイル定義に含めることは
当然だと思います。