もうかなり時間がたっておりますが、InDesignの画像配置のオプションで「背景を透明に」のチェックのOn・Offは試されましたでしょうか。
Adobe PDF Print Engineと「背景を透明に」のチェックで出力結果が異なることがうちのDocuColor1450GAでは起きることがあります。
↓Xeroxの情報ではありませんが、Adobe PDF Print Engineの処理結果が異なる説明があります。
InDesignの「背景を透明に」はOnでトラブルを回避｜出力の手引きWeb｜株式会社SCREENグラフィックソリューションズ