「CIDベースの文字組を使用」は、CIDフォントのことではありません。この機能を正確に言うと、
「OpenTypeフォントのCID番号で文字組みアキ量設定の文字クラスを決める（ただしAdobe-Japan1のみ）」
こういうことになります。つまり、モリサワなどの日本語OpenTypeフォントに影響する設定です。
気をつけなければいけないフォントの例として、こういうものもあります。
モリサワのPr6/Pr6Nはバージョン違いで文字化けする – ものかの
追記：
小塚フォントもバージョン違いで文字化けします。
直近で最も気をつけないといけないのは、黒ベタ白抜きのアルファベット。
- CS6付属以降の小塚で「黒ベタ白抜きのアルファベット」を入力する。
- CS5.5付属までの小塚しかない環境で開くと、そこが文字化けする。