段落スタイルと文字スタイルを混同していませんか？
作成した目次に段落スタイルを適用したいのであれば、目次作成時に「項目スタイル」で指定します。
その上で、目次のページ番号や、項目とページ番号を分けるタブなどには文字スタイルを指定できます。
目次に段落スタイルを指定していないように読めますので、見出しに指定した段落スタイルで目次が作成され、ページ番号のみに文字スタイルがかかった状 態になっているのではないでしょうか。
あるいは、フレームグリッドを使用している場合、グリッドの設定が生きてしまっているとか。