OS10.9環境のInDesign CS4で簡単に試してみましたが、きちんと埋め込まれました。
まずは「フォントキャッシュを再構築する方法」を参照して、フォントキャッシュを再構築してみてください。
また、InDesignCS4は最新版にアップデートされていますか？現在の最新（最終）バージョンは「6.0.6」です。
10.9環境ではCS4の自動アップデートは使用できないようですので、Adobe - InDesign : For Macintoshからアップデータをダウンロードして適用してください。