直接っていうのかよくわかりませんが、PDF書き出しプリセットからやりました。
PDF/X-1aやPDF/X-4の出力をやってみた結果ですが、
私があげたような、リンクされている画像によって、差が出るという事はないのですが、
全体としてやはり黒が薄い印象です。
これと比べ「Dot Gain 15％」書き出しの問題のないページは明らかに黒が濃いです。
薄い印象のものをPhotoshopで開くとやはり４色が混ざってます（正しい確認方法かわかりませんが）。
反応頂き、また検証までしていただきありがとうございました。