TeX環境が絡む状況ですが……難しいところですね。
これについては問題が2点あげられます。
・TeXの環境で依存する可能性があり、他の方が再現可能かどうかが難しい
(確認する人がTeX環境を所持しているかどうかも関わります)
・TeXの環境構築自体が自己責任の範疇がある
当方もTeX環境自体を持っているわけではないため、
回答としては一般論および経験則、可能な限り確認できる範疇になってしまいます。
また今回についてはいくつか原因の切り分けが必要になってくると考えます。
・該当のEPSを単独でAcrobat DistillerでPDF変換した場合に、フォント状態はどうなっているか
・従来の環境で作成したEPSと新環境で作成したEPSを新環境のInDesign CC 2015に配置した場合の結果
・新環境で作成したEPSを従来の環境のInDesignで配置した場合の結果
ただ印刷物は出力できているとなると、埋め込み自体は適切に行われている可能性があると思います。
高品質の画面表示で問題があるということですと、最初に記載したように、EPSの解釈に関する影響だと考えられます。
よって出力自体に影響はないはずです。
なおフォントが埋め込まれていない場合は、(確認した限りですが)確かにインストール済みのフォントを参照している節があります。
ただ埋め込みされている場合は埋め込みフォントの情報を参照すると考えています。
(埋め込みした場合は元のフォント情報と完全に同じ情報ではない場合があるからです)
また使用されているフォント名とその形式は何でしょうか。
Windowsの場合、基本的には一貫してOpenType/TrueType/Type1の対応になり、
これについてはXP以降から変わっていません。またInDesignも原則としては同様です。
TeX Wikiを見る限りですが、Computer ModernのOpenTypeは入手できるようなので、
たとえばそちらを使ってみるなどしてみた場合はどうでしょうか。
https://texwiki.texjp.org/?TeX%E3%81%AE%E6%95%B0%E5%BC%8F%E3%82%92DTP%E3%82%BD%E3%83%95%E3 %83%88%E3%81%AB
当方でも試しに「BKM-cmr10」(cmr10.otf)と「BKM-cmb10」(cmb10.otf)をWindows 10にインストールしたうえで、
InDesign/Illustrator CC 2014で確認してみたところ、認識された状態になりました。
こちらでもうひとつ確認したこととして、「数式画像作成ツール」のサイト(数式画像作成ツール - 物理のかぎしっぽ)を利用して
フォント埋め込みEPSを生成、InDesign CC 2015に配置を試みた時点で「このファイルには、このシステムで使用できない
フォントが1つ以上含まれています。これでもこのファイルを取り込みますか?」の警告ダイアログが表示され、書き出しで
PDF/X-1aを生成したところ、やはり出力時にフォントに関する警告が表示されました。
ただし出力自体は行われ、フォントについても埋め込み処理はされた状態になりました。
なおEPS単独でDistiilerでPDFにしたところ、アプリケーション情報は「divps(k) 5.993」でした。
フォントはすべてType1の埋め込みになっていましたが、エンコーディングがAnsi/カスタム混在になっていました。
これらの情報が影響してフォントの認識が影響した可能性があるかもしれないと推測しています。
(InDesignのプリフライトで見るとすべてのフォントでエラーが起きていましたので難しいところですが……)
---
フォントの件で追記になります。
使用しているフォントの種類ですが、もしかしたらType1形式ではないでしょうか。
その場合、2種類のファイル(拡張子pfmとpfb)が必要ですが、揃っているでしょうか。
エクスプローラーで見た場合、pfmがType 1 Font fileとして認識する状態ですが、
pfbが同一のフォルダにないと、有効なフォントとして認識されませんし、インストールもできません。
よって一度状況についてご確認ください。
ただType1形式は古い形式のフォントなので、将来性を考えると継続利用の検討が必要です。
OpenType版がリリースされている場合、今後はそちらに置き換えたほうがいいかもしれません。
(過去データ互換を考慮すると、当面は併用することになるとは思います)