InDesignで作成されたドキュメントをPDF書き出しする際に発生したトラブルです。
環境
OS：Windows7
App：InDesignCS4 Ver6.06
状況：
全16ページのInDesignドキュメントを作成しています。
16ページ中、右ページ全てに共通で入るEPS画像データをマスターページに配置しています。
EPS画像自体は横長の長方形で出来ており、左右を若干カットする形で正方形にトリミングしています。
このドキュメントをトンボ付のPDF（PDFx-1a 2001）で書き出したところ、トリミングが解除されて出力されてしまいます。
InDesign上の表示は問題ありません。また、トンボ無しで作成されたPDFにも問題ありません。
しかもトリミング解除されてしまうのは、同じマスターを使用しているにもかかわらず6ページ目と14ページ目のみです。