まずは念のため、環境設定のリセットを行ってみてください。
それでも解決しない場合は、InDesignを一旦終了させ、
「/Users/（ユーザー名）/Library/Preferences/Adobe InDesign/（バージョン）/ja_JP/Workspaces/」
内にあるワークスペースファイルの「（ワークスペース名）_CurrentWorkspace.xml」を削除してから起動してみてください。
上記を行っても解決しない場合は、なんらかの原因で、ディスプレイの解像度設定が一旦リセットされていることが考えられます。
別のディスプレイをお持ちの場合はそちらに接続して、ワークスペースが変化しないかどうか確認してみてください。
別のディスプレイに接続しても解決しない場合はPCの問題である可能性があります。