キーボードショートカットの一覧にもないようですし、
Command+スペースは無効にできない様です。
ことえりなど入力ソースの切り替えと同じ事が問題なのでしたら、
・入力ソースのショートカットを切にして、InDesign側の操作をだけに使用する。
（入力ソースは英数・かなのキーで操作）
・キーをOption＞スペースバー＞Commandの順に押してから、
Optionキーを離す方法で、入力ソースの切り替えが反応しないように操作する。
のどちらかではいかがでしょうか。
入力ソースの設定は「システム環境設定」＞「キーボード」＞
「ショートカット」＞「入力ソース」です。