$ 0 0 PDF/X-4ではなくPDF/X-1aで書き出しても発生しますか? 透明効果は書き出し設定によってはうまく書き出せないことがあるようです。InDesignで内側に掛かるオブジェクト効果を使ってPDF/X-4保存すると効果が消える | DTPサポート情報