コメントありがとうございます。
Acrobatのフォルダの中にそれらしきファイルがありましたので、C:\ProgramData\Adobe\AdobePDF\Extras の中にコピペしました。
しかし、インデザインを再起動しても状況は変わらず、Windowsも再起動してみましたが、やはり同じ状態です。
インデザインの「PDF書き出しプリセット」ダイアログにある「読み込み」を使ってコピペしたファイルを一つずつ登録していく方法しかないようです。
ここの情報はどこかで管理されているのかなと思って、もっと簡単になおりそうに思ったのですが。