OS X Yosemite上のCC2015.2(11.2.0.99)の環境ですが…
既存のCC2015.2保存のドキュメントを開いて別名保存では当該ドキュメントのあるフォルダ、
既存の旧バージョンで作成・保存のドキュメントを開いて別名保存では直近の保存に使用されたフォルダ、
という違いがありました。
質問者さんの場合のドキュメントの作成バージョンとの関係はどうなのでしょうか?
OS X Yosemite上のCC2015.2(11.2.0.99)の環境ですが…
既存のCC2015.2保存のドキュメントを開いて別名保存では当該ドキュメントのあるフォルダ、
既存の旧バージョンで作成・保存のドキュメントを開いて別名保存では直近の保存に使用されたフォルダ、
という違いがありました。
質問者さんの場合のドキュメントの作成バージョンとの関係はどうなのでしょうか?