ご丁寧な解答をありがとうございました。
こちらの環境に近いのは「数式画像作成ツール」を使用した例と同じです。
これでもこのファイルを取り込みますか？」の警告ダイアログが表示されますが無視して作成しています。
それでも印刷等は普通にできます。しかし、このファイルを新しいＰＣにもっていくと文字化けするわけです。
ＥＰＳファイルを保存しておけば問題はないかと思いますが、消去しているのでもどせません。
このようにＥＰＳ埋め込みの数式を100程度ははりつけてあるので、そのせいかテキストフレームの文字が消える現象もおきています。
TeXは理系には未だ必須の道具であり、Indesignにはレイヤーと作画というツールがあるので他に移ることができません。
しかし、解決できない問題が最近のＩｎｄｅｓｉｇｎには多く出てきてしまいました。