Windows 10+CS6/CC2015+MS-IME（OS標準）、Windows 7+CS6+Office IME 2010で試しましたが、
どちらも同じ結果で、MS-IMEが変換している文字列の真下に候補が出てくるための影響です。
横組みではいいのですが、縦組みの場合にどうしても重なることになります。
Wordなどでは縦組みの場合に変換候補も縦組み表示になるのですが、
InDesignではそこまでのコントロールが行われていないようです。
YUJIさんの仰るようにインライン入力をOFFにする方法でも対処できますが、
代わりにテキストフレームに追随しない状態になりますので、一長一短となってしまいます。
変換時の一時的な表示でしかないため、個人的には慣れるくらいかないように思います。
なお、Windows 10で動作保証されているのはCC 2015以降ですので、
CS6については動作保証されていませんから、自己責任での利用である点に注意してください。
（当方はそれを念頭に置いて、動作チェックやデータ確認用を主としてインストールしています）