Re: バージョンが違うデータをPDFで書き出すと一部表示されないテキストがあります

それは特定のデータだけでしょうか、それとも、CS5.5で作成されたデータ全部で起きるのでしょうか。

また、IDML化したデータをCS6で開いて出力した場合や、PDF/X-1a以外のPDFプリセットの場合はどうでしょうか。

ただ、見開きやグループ化解除して処理できたということだと、内部的にオブジェクトのネスト状態が

発生していて、該当箇所だけ問題を起こしていた可能性もありそうです。