あらゆるデータにおいて出力されなくなったのでしょうか。
それとも特定データの編集後にそうなったのでしょうか。
PDF/X-1aの設定はプリセットのもので起きているでしょうか。
プレスや高品質の場合はどうでしょうか。
他のマシンにInDesignがあった場合はそちらで処理した場合はどうでしょうか。
フォーラムではデータ自体を見ることができないわけですから、可能性はさまざま考えられますし、
急にといっても何かのトリガーによってそれが起きている可能性が高いのも事実です。
まずはあらゆる観点から検証確認を行い、原因となりうる問題を切り分けされることが必要です。