あくまでassauseさんの「環境を分ける」というのが正解と踏まえたうえで…
私の環境でもOS X 10.11にインストールしたCS6はフォント管理ソフトやドキュメントと同階層のFontフォルダ内のフォントが認識されませんでした。
色々確認してみると、システム起動時にインストールされているフォントしか認識されないようです。
ですので、システムにフォントをインストールしておき再起動、CS6を起動すれば利用可能です。
どうしても対処したい、ということであれば上記のような方法があげられます。
ただし、10.11以降のmac OSがCS6の動作環境を満たしてないのは事実ですから、他にも動作に問題が起きる可能性があります。
利用状況を考えて別の手段を考えておいた方がよいでしょう。