私も大変困っていましたが、助かりました。
El Capitanをインストールしてから同様にInDesign CS6だけ起動できないという症状でした。
アプリだけ再インストールしただけでは、先の報告と同じく起動完了時にクラッシュしました。
起動後の画面の左下にある「次回から表示しない」をクリックしても次の起動時にはチェックが外れていて何度もその画面が表示されクラッシュが続いていました。
環境設定ファイルの再作成（control+shift+option+command）をトライしましたが、再作成さえさせてくれずにクラッシュしました。
次にfujiki@adobeさんの投稿を見て、OSXの環境設定で一般「メニューバーを自動的に隠す/表示」とDock「Dockを自動的に隠す/表示」のチェックを外したところ起動できるようになりました。
一度、正しく起動できたのちは、一般「メニューバーを自動的に隠す/表示」とDock「Dockを自動的に隠す/表示」にチェックをつけて元に戻しても問題なくInDesignが使えるようになりました。また、起動後の画面の左下にある「次回から表示しない」のチェックを外して起動してみましたが、問題なく起動できました。何が原因かよくわかりませんが、とりあえず動いています。その他、Photo shop, Illustratorなども問題なく使えています。
しかし、InDesignでファイルを編集しようとしましたが、フォントパネルのプルダウンで表示されるフォントリストは空のままでした。メニューバーの書式＞フォントのリストは有効であった ため、とりあえずそちらを使って作業しています。なぜか、再現性はないのですが、一度だけ正常に戻りました。InDesignの編集＞メニューでフォントの表示のチェックを外したところ、メニ ューバーの書式の下のフォントメニューは当然非表示になるのですが、フォントパネルのリストは復活しました。一度だけで、その後は何度試しても表示されません。
その他の機能は、今の所問題なさそうに見えます。
「テキストからコレクションを作成」、「テキストからフォントライブラリを作成」、「フォント情報を表示」もチェックをつけてみましたが、私の場合、InDesignの安定性には関係なかった ようで、フォントパネルからのフォントリストは表示されないままでした。ちなみに、このメニューは「CleanMyMac 3」などは使わず、システム環境設定＞キーボード＞サービスから変更できるのを見つけたので、そちらでOn/Offしてみました。
また、環境設定ファイルの再作成（control+shift+option+command）は未だに実行できません。