透明効果を利用したオブジェクトについては、分割が発生するようなデータ形式への書き出し
（EPSやPDF/X-1aなど）での分割線の発生は実質的に避けることが困難です。
透明の分割によるラスタライズが細分化されることが原因のため、回避はかなり困難ですし、
これは特定バージョンのアプリケーションに依存した話でもありません。
まずは白い線が実際の出力まで影響するかを確認するところから始めたうえで、
それで出るようであれば、別の出力方法や、分割・統合を別に行うなど
（AcrobatやIllustratorなど）、場合によっては該当部分は別途ビットマップ画像化
するなどで凌ぐしかないように思います。
仰るように他のシステムではEPSがまだ主流・安定などのケースもわかりますが、
そうなると全体のフローとして安定するデータ作成方法を検討する必要がどうしても欠かせません。