データ結合の続きですね。
このまま反転作業は危険ですので、まずこのファイルを見開きでA3横サイズのPDFに書き出します。
次に新しくA3横単ページのInDesignファイルを作成します。
これに先ほどのPDFを1ページ1枚ずつ貼って画像反転させます。処理はスクリプトで行います。
PDFを貼るスクリプト：
サンプルスクリプトの「PlaceMultipagePDF.jsx」
反転処理スクリプト：
var pdfObj = app.activeDocument.allGraphics;
for(i=0; i<pdfObj.length; i++) {
pdfObj[i].absoluteFlip = Flip.HORIZONTAL;
}