インデザインからEPUB書き出しをした際、インデザインのツールで描いた矩形に限り、指定した解像度での書き出しをせず、大きなサイズの画像に変換します。そのためE-book をiTunes storeに登録できません。
例えば、ドキュメントのサイズを1024×768pxに設定し、インデザインのツールで前面が覆われる四角形を描くと、96dpi指定で書き出されるPNGファイルは4262×2755pxと いう大きさになってしまいます。本来であれば1360×1021px程度になるはずです。これが写真などの画像や、配置したイラストレーターのファイルについては、指定解像度のサイズで書き出 されます。
インデザインのツールで描いた矩形だけがこのようになるため、間違いなくバグではないかと思いますがいかがでしょうか？なお、この現象が出るのはCC(2017)になってからです。それ以前の バージョンでは起きていません。