OS環境等がわかりませんが、下記環境・設定で確認してみました。
- Windows 10+CC 2017/2015.4
- 新規作成で、Web/1024x768/縦置き/左綴じで作成
- 1ページ目に768x1024かつRGBシアンの塗りを設定した長方形オブジェクトを配置
- 2ページ目にダミーテキストを流し込んだテキストボックスを配置
- 固定レイアウトのEPUBで、変換設定で解像度のみ96ppiに変更して書き出し
- 書き出されたepubファイルを解凍して内包された画像（2点）を確認
結果としては、いずれにおいても1024x1365px/96ppiのpngファイルが生成されました。
環境や具体的な手順がわかれば、もう少し検証の余地はあるとは思います。