重ね重ね、ありがとうございます。
さっそく、新規データを作り検証してみました。
assause様のおっしゃる通り、10ページ程度の新規データですと、何の問題もなく、インデザインのツールによるオブジェクトも適正サイズで描き出されました。
問題となっておりますデータは、ドキュメント単体からの出力ではなく、ブックからの出力であること。ページ数が260ページ前後あり、挿入している画像は1160枚、EPUBのimageフォ ルダ内に出力された画像数は2753点というもので、その中の10枚の四角形だけがエラーを出すわけです。私はプログラマーではないために、このような現象をつきとめるだけの知識がありません ので、ここに掲載しているのですが・・・・ただ、前述の通り、電子書籍としては複雑な構成をしている部類なのだろうと思いますので、何らかの原因になる「こと」をしでかしているのかもしれませ ん。しかし、CC2015では成功、CC2017ではNGという、やってはならない何らかの原因をつきとめるのは至難の業です。
そこで、まったく別の、現在制作中のデータでも検証してみました。
そちらは一般書籍で、B5判、左閉じ、595ページの本です。こちらも写真やイラレで描いた地図などを多用しておりますが（画像と地図は1322枚）、幸いにもインデザインツールで大きなオブ ジェクトは描いておりません。そこで、CC2017でEPUB出力してみましたが、大きなサイズが書き出されるというエラーは出ませんでした。
これからが実験でして、最終ページに見開き一杯に四角のオブジェクトを挿入し96でEPUB出力しました。B5判ですので、見開きは1032pxになります。書き出されたPNG画像は、207 5×1473pxという判型の2倍のサイズの画像になりました。
以上のことから考えますと、ある一定の容量、もしくは変換する画像数など、何らかの変換工数が多いデータに発生する現象ではないかと思いました。ではその発生ラインはどこなのか？もう少し検証 してみます。なお、お手数かと思いますが、ある程度重たいデータで検証いただければと思います。なかなか、お時間はないかと存じますが。