monokanoさんのおっしゃるレイヤーかなとあたりをつけて手元で雑に試してみたのですが，オブジェクトレイヤーオプションの更新オプションが「レイヤーの可視性オーバーライドを維持」に なっていると更新されないことがあるようです。
Mac版CS5で試しているのでCC2017とは挙動が違うかもしれませんが，「PDFレイヤーの可視性を使用」では起こりませんでした。
更新されないのは，
・複数レイヤーのAiデータをリンクしている
・Aiデータ修正時に元からあるレイヤーの表示／非表示を変更して保存した
という場合でした。
レイヤーの追加／削除では正しく更新されるようです。
ご参考まで