Adobe PDFを利用している場合であれば、PDF自体はPostScript経由での処理されるので、
それ自体は透明を含むことは確かにありません。
そのうえで、InDesign側で背景透明によりPDF/X-4で影響するのは初めて把握しましたが、
よく考えたら透明を許容するのがPDF/X-4なので、別にそれ自体は問題ないように思いますがどうでしょうか。
透明を許容したくないのであれば、PDF/X-1aやX-3で書き出すしかないところです。
逆に、PDF/X-4なのに透明を許容してはならない理由がよくわかりません。