その後、テストファイルで試してみました。
どうやらWord表の塗りより、罫線の種類がひっかかっているようです。
実線ではなく点線（色ベタです）の場合、InDesignに貼りこんだときに
透明オブジェクトになるみたいです。
jdash2000様のアドバイスより「透明の分割・統合パネル」で確認したところ、
点線の表がひっかかりました！
その際ですが、PDFだけでは引っかからず、
InDesign上でオブジェクトを作成、着色、乗算にしたところ、反応いたしました。
（これまた、別問題だと思いますが、そういうものなのでしょうか？）
そもそも今回の件はInDeisign上に貼りこんだときに、
透明オブジェクトが含まれていたため
PDF/X-4書き出しで透明になるのは当然のことでした。
お騒がせしてしまい、申し訳ございませんでした。