とりあえずですが、直接C5100sに出力するのではなく、
一度PSファイルに書き出してからAcrobat Distillerを用いてPDFにした場合の確認を行ってみてください。
その際のPPDは、Adobe PDFとC5100sのPPD、両方で確認をしてみてください。
またC5100sにE22Bオプション（PostScript）を付けている場合、Fieryコントローラーの方から
そのPSファイルをインポート（またはホットフォルダ経由）で出力した場合はどうでしょうか。
要はInDesignで発生しているのか、それともプリンタードライバーで発生しているのかの、
原因の切り分けを行う一環になりますが、今回、そこまでやっていないようには思います。
ちなみに当方のWindows 10 RS3で、Adobe PDFおよびOKI Microline C941のPPDを用いて
PSファイルを書き出し、DistillerでPDFにした場合はカラーは反映されています。
ただCymk200さんの仰るように、動作保証外なのはまた事実です。
当方もあくまでも検証用に利用しているだけなので、あらゆる環境で確実にそうなることを
保証するものではありませんし、自己責任で運用しています。