「四角に斜線」の表示は、その文字がそのフォントに存在しないことを示しています。
薄いピンク色は、これをさらに分かりやすく（見つけやすく）するために着色する機能です。
「⌘ ⌥ ⌃」は日本語フォントのStd、Proにはありません。ただし「⌘」だけはPr5以降にあります。
「検索してコピペすると⌘は表示される」のは、勝手に小塚Pr6に変えられて表示されているはずです。
一方で、エディタやWebブラウザでは「⌘ ⌥ ⌃」がどれもちゃんと表示されます。
どうしてかというと、フォントにない文字は、その文字がある別のフォントで自動的に表示されるからです。
これをフォントフォールバック機能といいます。
InDesignにはフォントフォールバック機能がありません。
勝手に別のフォントで表示されてしまうと印刷事故になってしまうからです。
しかし、「⌘」の場合のように、InDesignでも勝手に別のフォントで表示してしまうことがあります。
これは避けるべき現象であり、利用するものではありません。