ありがとうございます。
PDF/X-1a:2001へは書き出しプリセットを使用し、書き出しています。
Acrobat Ⅺが原因かどうかはまったくわかりませんが、それぐらいしか変わったことはしていないので一応書いておきました。
PDFの最適化を行ってみました。
画像をダウンサンプルさせないで最適化をしたところ、サイズは変わりませんでした。
そこで「容量の調査」をみると、6月時点でのPDFデータは画像が40.2Mバイト（96.56%）、今回が73.4Mバイト（97.8%）でした。
PDF化において、同じプリセットを使っているにも関わらず、画像の容量が明らかに大きくなっていました。
もとのInDesignのデータのサイズは、前回および今回ともに13.5Mバイト、リンクしている画像のサイズは一緒です。
念のため、画像のダウンサンプル（バイキュービック法）で
カラー画像を350ppiを超える場合に350ppiに
グレースケール画像を350ppiを超える場合に350ppiに
白黒画像わ600ppiを超える場合に600ppiに
するよう指定して最適化してみましたが、データサイズは2Mしか変わりませんでした。