CS4とかCS5の時代の話ですが、同様の現象が起きたことがありまして、その時いったん問題の元のinddファイルをInDesign互換形式で書き出して、それを再度同じバージョンで開き 直してからPDF書き出しをしたらサイズの謎の肥大化を回避しました。
CCでも有効なのかは不明ですが、一度試してみてどうでしょうか。既にお試し済みなら、ごめんなさい。
CS4とかCS5の時代の話ですが、同様の現象が起きたことがありまして、その時いったん問題の元のinddファイルをInDesign互換形式で書き出して、それを再度同じバージョンで開き 直してからPDF書き出しをしたらサイズの謎の肥大化を回避しました。
CCでも有効なのかは不明ですが、一度試してみてどうでしょうか。既にお試し済みなら、ごめんなさい。