検証ありがとうございます。
あらためて状況をまとめますと、、
Illustrator（2018）で作成したグラフやイラスト、配置した画像を
InDesign（2017）に配置していました。
グラフは複数あり、それをアートボードごとで
一気にeps形式で保存をしたのですが、
配置してみると正常に表示されるものと表示されないものが混在していました。
そもそも配置できないデータはプレビューでもこの表示でした↓
作成したepsデータはIllustratorでは開きます。
保存しなおしてみたり、新規データで個別に保存したりしてみたのですが改善せず、
ai形式でも同じ現象が起きていました。（←これは2017に保存し直すとなぜか改善されました）
ただ、同様の方法でPDF形式で保存すると全て問題ありませんでした。
表示できないグラフには画像が含まれており、
それが何らか原因かな？と考えていましたがそうでもないようで...
今あらためて試してみたのですが、やはり
eps形式にするとInddに配置できるものとできないものが混在します。
わかりづらくてすみません..
eps形式での配置は今後基本的に必要ないと思いますので、
作業上は解決したのですが、根本的な原因は探せていません。