入稿されるのは、InDesignのドキュメントでしょうか？PDFでしょうか？
CC以降のパッケージでは、ドキュメントとリンクファイル以外にも、PDFやIDML（互換ファイル）を書き出すようになりました。
ドキュメントを入稿されるのであれば、PDFやIDMLは不要です。パッケージのオプションダイアログでチェックを外せば（上記赤枠参照）、パッケージされたフォルダ内には含まれません。
ちなみに、このときに書き出されるPDFの書き出し設定も指定できます。上記のキャプチャでは、プリインストールされているPDF/X1-aの設定を使用しているため、トンボと塗り足しが書き 出されていません。
もしPDFを入稿されるのであれば、印刷会社より指定されたPDF書き出しプリセットを使用してPDFを書き出します。パッケージは不要です。
塗り足しとドキュメントサイズの設定については、作成されたInDesignドキュメントの「ドキュメント設定」で確認できます。こちらが正しい数値になっていれば、ドキュメント自体にサイズ などの問題はありません。
PDFを書き出す際は、塗り足しやトンボなどを書き出し時にコントロール（つける・つけない）できるので、書き出しの設定によっては塗り足しがなかったり、トンボがなかったりします。