ストーリーが通っていないページのテキスト変数がごくたまにおかしくなる現象はいつも起きるというわけではなく、同じファイル内でもページによって起きたり起きなかったりします。Win7, CS5で最初に発見しました。
>そもそも、「テキストがないページの見出しの部分は、スペースを入れてそれに対して段落スタイルを適用」という方法が
>よくない気もしており、もっとよい方法はありますでしょうか？
同感です。見出しのテキストがあってもなくても色アミを敷くのであれば、わざわざ段落スタイルを使う必要は薄い気がします。
見出しテキストはテキストだけの設定にして、マスターページに塗りの長方形を配置すればいいのではないでしょうか。