Re: テキスト変数を使ったフッターの作成について

既に回答済みになってしまいましたので、ご覧になるかどうか不安ですが……。

見出しのテキストフレームが章番号順に作成されていますか？

これが乱れていると（今回の場合、第2章→第1章の順で作成されたと推察されます）、意図した通りにならないようです。

テキストフレームがひとつながりのストーリーになってさえいれば、テキストフレームを作る順番には影響されませんが、そうでない場合、テキストフレームは作成順に内部的に番号がふられるため、 これが悪さをすることがあります。