「/Applications/Utilities/Adobe Application Manager/core」の中にある「Adobe Application Manager.app」を起動するとどうなりますか？
こちらは、アップデートを管理するアプリケーションです。
ただ、CCになってから「CreativeCloudアプリケーション」がアップデートを管理しているので、
「ヘルプ」メニューのアップデートや「Adobe Application Manager.app」を使わない方がよいと思われます。
adobe Flash Player等のアップデート後にもFolio Builderが起動しないようでしたら、念のため上記をお試しください。
これでも解決しない場合は、InDesign本体の問題よりもAdobe IDのログインやセキュリティソフトの設定などに問題があるかもしれません。
おかしいなと思ったら（Mac OS 版 InDesign CC）
などを参照して、設定のリセット等を試してみてください。
＃思いつくままの返答でお手数をおかけしてすいません…