Re: Yosemiteにアップデート後のInDesign CS5.5のキーボードショートカット

CS5.5ではなくCS5ですが、こちらではYosemite環境でキーボードショートカットは問題なく使えています。

システム環境設定＞ユーザとグループから、管理権限を持った新規ユーザを作ってそれでMacにログインし、そこでInDesignを起動してみるとどうなるでしょうか？

もし正常に動作するなら、現在のhi2gさんのユーザフォルダ以下に何らかの問題がある、ということになります。

また、起動ディスクの検証と、アクセス権の修復をディスクユーティリティーで行ってみてください。