配置している画像のカラーモードが RGBになっていませんか？
RGB画像を配置しただけだと、基本的にRGBのままのプレビューで表示されます。
その画像に対して透明効果（ぼかし）などを使用すると、プレビューはCMYKに変換された状態で表示されます。
また、書き出し時のカラーモードもデフォルトのままではCMYKになっているため、画像はCMYKに変換されます。
このため、画像に透明効果を使用した場合、プレビューや書き出し時に彩度が落ちたように見えますが、
実際には画像をPhotoshopでCMYKに変換したのと近い見た目になっていると思います。
イラスト素材というのはIllustratorのデータ（＝ベクターオブジェクト）のことだと思いますが、
こちらのデータ内に透明効果が使用されていたり、InDesignで透明効果を設定していませんか？
InDesignではページもしくはスプレッド内で透明効果を 使用していると、ほかの画像のプレビューもすべてCMYKになります。
そのため、イラスト素材を配置した場合も画像の彩度が落ちたように見えます。
作られているデータを印刷会社に依頼して印刷する場合、実際の印刷結果は彩度が落ちたように見える状態に近くなります。
ですので、画像やイラスト素材もCMYKに変換して作業を行ったほうが実際の印刷結果に近い状態で作業することができます。
データをJpgに書き出して使用する場合は、以下の2つのどちらかの方法を使用してください。
一つ目の方法は、「編集」メニュー→「透明ブレンド領域の設定」を「ドキュメントのRGB領域を使用」に変更し、Jpgに書き出す際のカラーモードをRGBに変更します。
二つ目は、ドキュメントを作成する際の設定で、ドキュメントのプロファイルを「Web」に設定してカラーモードをRGBに変更します。
この場合、カラーパネルがRGBに単位がピクセルになりますので適宜設定を変更します。
これらの方法により、画像を配置後、透明効果を使用してもカラーモードがRGBのまま適用されるため、画像の色味はそのまま維持されて書き出されます。