「リンク」パネルのオプション（▼のメニュー）→ユーティリティ→「場所を指定してコピー」という項目があります。
このコマンドを実行すると、ファイルの保存場所を指定してリンクファイルをコピーすることができます（リンク先はコピーしたファイルに再リンクされます）。
この機能を「パッケージ」の代用機能として、リンクファイルを収集することができます。
この「場所を指定してコピー」を実行後、再度パッケージを行ってみてください。
パッケージが実行できるようでしたら、リンクファイルが保存されているフォルダやディレクトリに問題がある可能性があります。
ほかの対処方法としては、InDesignのドキュメントをidmlファイルに書き出して、再度InDesign CS6で読み込む、という方法が あります。
idmlファイルはバージョンダウンなどに使用されるフォーマットですが、ドキュメントをクリーンアップする副次的な効果があります。
これにより、ドキュメント内部に潜んでいる問題を解決して、パッケージが行えるようになる、かもしれません…
※idmlに書き出すと、 100％完全にドキュメントを復元できない場合があるようです。
こちらを試す場合は、再度読み込み後にドキュメントがきちんと復元されているか確認してください。