基本的なオブジェクトの操作では選択ツールを使用しますが、選択ツールでは選択できないオブジェクト（内容）や、個別に操作したいオブジェクトを選択するのがダイレクト選択ツールです。
AdobeのInDesignヘルプ「InDesign ヘルプ | オブジェクトの選択」によると、
選択ツール
テキストおよびグラフィックフレームを選択して、その境界線ボックスを使用してオブジェクトを操作できます。
ダイレクト選択ツール
配置したグラフィックなどのフレームの内容を選択したり、パス、長方形、アウトラインに変換された文字などのオブジェクトを編集可能なオブジェクトとして操作できます。
とあります。
ざっくり言うと、
選択ツール：フレームやグループなどを選択して操作するツール
ダイレクト選択ツール：フレーム内のリンク画像やグループ内の個別オブジェクトを選択して操作するツール
といったところでしょうか。