PSDファイルに「背景」レイヤーが含まれていない場合、マスクや消しゴムを使っていなくても全て「透明になっている」という扱いになります。
Indd/Aiにはグレースケールのモード自体がありませんので、オーバープリントプレビューでないと色の確認はできない…ということになりますね。
（試しにモードのあるCMYKモードでKのみのファイルにしてみると、最初から正しい濃さで出ます）
「透明」と認識されたファイルのあるスプレッドでは、「透明」効果を処理するため配置画像にのみOPプレビュー同様の表示になるんだと思います。