以前、Adobeのサイトに『間違いのない入稿データ作り[PDF書き出しプリセット設定]』という特設ページがありました。そこではSCREEN製のPDF書き出しプリセットが紹介されてい て、それを使えばまず間違いのないものでした。
そのページは今は404になってしまいアクセスできません。しかし幸いなことに、SCREENの配布ページはまだあります。
「Trueflow印刷ユーティリティ」は「EQUIOS印刷ユーティリティ」に変わります|出力の手引きWeb|株式会社SCREENグラフィックソリューションズ
ここからダウンロードできるPDF書き出しプリセットは汎用にも使えます。
(ダウンロードリンクがかなり分かりづらいですけど、ちゃんとあります)
もちろんYUJIさんが回答したように、入稿先の会社に合わせるのが最も確実です。
(とはいうものの、どこに入稿されるのか分からないことも多いんですよね…)