直接配置しているデータ内に配置データが含まれていれば問題はありません。
勿論、ご認識のように該当データの修正や問題がないことが大前提です。
Illustratorの場合、保存時点の設定によって結果が変わります。
- ai形式：「PDF互換ファイル作成」の設定によって配置データが保持されると
同時に、それががないと別アプリケーションでの配置処理自体ができません
（配置と出力にはPDF部分が使用されています） - eps形式：「配置した画像を含む」のチェックにより配置データが保持されます
ただ、現状は完全データにして、PDFとして入稿してしまうのが確実です。
もちろん入稿先での修正や調整はできませんが、ネイティブデータの利用については
本来はデータ作成元の責任管理もあることと、最終データとしての所在が不明になるという
管理上の問題が生じることを考慮する必要があるためです。
また、該当修正データだけを後で送るという点でも管理上の影響はやはり出てきます。
となると使用しているファイルの管理をどうするか、という点になるかと思いますので、
制作段階で確実にヒューマンチェックを考慮しながら収集することも踏まえつつ、
ワークフローの見直しを行われたほうが良いかもしれません。