Re: インデザインCS6で数10ページ以上あるインデザインの複数のファイルを一つのファイルに合体した場合のノンブル

書式→特殊文字の挿入→マーカー→「現在のページ番号」で自動ページで挿入されていることが前提になります。

そのうえで、複数ドキュメントを管理するなら、ブック機能を使っての処理を行うのがベターです。

Adobe InDesign でのブックファイルの作成

なお念のためですが、スタイルの設定内容はきちんと統一されていることが前提になります。

同名の別設定が含まれる場合はトラブルになる場合があるので、事前に調整をしておいてください。

（特にプリセットの「基本段落」等が変更されていると影響度が高いです）