assause さんの返答と重複しますが、
数10ページ以上あるインデザインの複数のファイルを一つのファイルに合体した場合
これは事故の元になります。こういうことは、余程の事情がない限りしてはいけません。
ブック機能を利用して、複数ファイルのまま管理し、自動ノンブル機能を利用すると良いでしょう。
なお、ブックの同期機能には注意してください。警告なく設定が強制的に変更されるので、事故の元になります。
使い方の説明は、Adobeの公式ヘルプがとにかく分かりにくいので、「InDesignパーフェクトブック」を強くオススメします。