少々時間が経過してしまいましたが……。
透過したPSDについて配置してこちらでも出力してみましたが特に変化はありませんでした。
また長方形オブジェクトに透明効果をかけた場合も同様です。
新規作成の結果なので同じではないと思いますが、やはりそこだけが原因ではなさそうですし、
単純に発生するものでもなさそうです。
もし原因をとことん追求するのであれば、何もかも条件を確認するしかなさそうです。
当方であれば少なくとも下記についてはチェックします。
- 単純に新規ファイルでも同様に発生するか
- 影響の起きたInDesignファイルのバージョン
- 配置しているPhotoshop PSDのバージョンと状態（互換保存しているかなど）
- 新規ファイルに該当部分を移植した場合（コピー＆ペーストなど）した場合はどうか
- idmlとして保存したものを開いた場合はどうか
データをお預かりできれば検証することもできるとは思いますが、
おそらく業務作成のデータなので難しいように思います。
どうしても外部に出せないとしたら、チャットサポートに相談してみて、
そちらにデータを預けて検証できるかどうかも考えてみてもいいかもしれません。
なお、上書きインストールの場合は環境設定が移行されますから、
環境設定のリセットをしたほうがいいかもしれません。