丁寧にご報告していただき、ありがとうございます！
ご報告の内容から推測すると、原因は画像ファイルではなく、それを配置しているフレームにあると思います。IDMLにしたことで修正され、表示されるようになったのでしょう。IDML保存はそ のような修正目的で実行すると効果がある場合があります。
またinddで保存し直して続けていこうと思います。
IDML保存は、意図しない変更が発生する場合もあるので、そのままinddに保存するのは避けた方が良いかもしれません。今回は問題箇所が明確なので、IDMLで直ったフレームのみコピーし 、オリジナルのinddへペースト（元の位置にペースト）して差し替えてはどうでしょうか。
（と書いて投稿したのですが、オリジナルのinddで削除するとクラッシュするのでしたね…）